master page, bir şablondur aslında. frontend tarafında sıkça kullandığın alanları şablonunda belirtirsin ve türettiğin bütün sayfaları o master page'e (şablona) bağlarsın böylelikle kod tekrarından kaçınmış olursun.
örneğin, layout.master adında bir master page'in olsun, içine footer'da yazan linkleri, copyright metnini vs koydun. header alanına css, js dosyalarını ekledin varsa navigasyon menüsünü ekledin.
profil.aspx adında yeni bir sayfa ekledin diyelim, master page'e bağladığın zaman footer ve headerı tekrar tekrar profil.aspx sayfasında yazmazsın ve kod tekrarından kaçınmış olursun böylelikle yazılım geliştirme sürecin hızlanır.
daha detaylı bilgi için
http://ozguryaman.com/asp-nette-master-page-kullanimi/